倉庫の場所と樽の積み方は、ウィスキーのフレーバーの開発に大きな役割を果たします。なので、蒸留所から離れた土地で熟成されたウィスキーは、蒸留所内で熟成されたものとは異なるフレーバーを形成すると考えられています。
ところで、スコットランドで使用されている倉庫システム（樽の積み方）には次の３つのタイプがあります。
【Traditional（伝統的な倉庫）】
Dunnage warehouse（ダンネージ倉庫）としても知られています。石の壁と砂の床で建てられた倉庫で、すべてのサイトで伝統的に使用されているタイプです。樽は木製のレールに積み込まれ、２～３段の高さまで積み上げられます。
このタイプは大気、温度、湿度が比較的一定に保たれ、スコッチウィスキーの熟成に最適な方法です。
【Racked（ラック式倉庫）】
金属レールを使用するこのシステムでは、高さ10～12段まで収納できます。
コンクリートと金属で建てられたこのタイプの倉庫は、大量の樽を貯蔵できて、出し入れも簡単なので、はるかにコストパフォーマンスが高く、大きな蒸留所ではダンネージ倉庫と並行して採用されています。温度をできるだけ均一にするため、樽を高いレベルから低いレベルへ順次移動することができるようになっています。一般にスコットランドでは、床が土でなければ上下を入れ替える必要はありませんが、いくつかの蒸留所では年間を通じて異なる季節で上部と下部の間に10度の温度差があるため、常に温度を監視し、必要に応じてローテーションします。このスタイルの倉庫は、総じて乾燥していて湿度が低い傾向にあります。
【Palletised（パレット倉庫）】
パラダイス式ともいい、パレット板に樽を縦に並べて積み上げていく方式です。ラック式よりもさらに省スペースの、もっとも現代的なシステムです。
収納スペースが不要なためスペースの有効活用が図れます。この方式では、樽を直立させるとすぐに樽のトップエンドがウィスキーとの接触をうため、風味の発達と品質に影響を与える可能性があると言われています。